في عام 2029، أصبحت مدينة نيهاما مدينة متقدمة تقنيًا. نظرًا للتحسينات الكبيرة في علم التحكم الآلي، أصبح مواطنوها قادرين على استبدال أطرافهم بأجزاء آلية. أصبح العالم الآن أكثر ترابطًا من أي وقت مضى، وقسم الأمن العام 9 في المدينة مسؤول عن مكافحة الفساد والإرهاب والتهديدات الخطيرة الأخرى في أعقاب هذا التحول نحو العولمة. يقود الرائد موتوكو كوساناجي ذو الإرادة القوية من القسم 9 قضية تتعلق بمتسلل غامض يُعرف فقط باسم “سيد الدمى”، والذي يترك سلسلة من الضحايا مجردين من ذاكرتهم. مثل الكثيرين في هذا العالم المستقبلي، فإن جسد Puppet Master هو آلي بالكامل تقريبًا، مما يمنحه قوة لا تصدق. بينما تتبع موتوكو ومعاونوها مسار المجرم الغامض، تبدأ الأطراف الأخرى – بما في ذلك القسم 6 – في التدخل، مما يجبرها على مواجهة الطبيعة المعقدة للغاية للقضية. بالتفكير في العديد من الأسئلة الفلسفية، مثل معنى حياتها، سرعان ما أدركت موتوكو أن الشخص الذي سيقدم هذه الإجابات ليس سوى سيد الدمى نفسه.