تعود المنظمة السوداء في هذا الفلم في مسعى جديد وهو تصفية مبرمج حاسوب كان يعمل مع المنظمة اسمه يدعى “هارا” في نفس الوقت تسعى المنظمة لتفجير الطابق الأربعين في البرج المزدوج لشركة توكيوا لأنه يحتوي على بيانات سرية عن المنظمة خزنها “هارا” فيه، يصادف كونان والرفقاء أن يكون في البرج يوم التفجير فيعلقوا في البرج بسبب التفجير وتقع جرائم قتل في البرج في الوقت نفسة وتتشابك الامور في بينها كيف سيخرج كونان من هذا الموقف وينقذ رفقائة.